Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam tại kì họp thứ 19 từ ngày 7 đến ngày 9 tháng 11 năm 2017 do Trần Quốc Vượng chủ trì, Phùng Quang Hùng "chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ủy ban nhân dân tỉnh; để Ủy ban nhân dân tỉnh phê duyệt dự án vi phạm pháp luật, không phù hợp với quy hoạch; giao đất không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất; thanh toán trùng chi phí đầu tư gây thất thoát ngân sách Nhà nước. Thiếu trách nhiệm trong việc quyết định giao chủ đầu tư dự án không có năng lực; phê duyệt đầu tư, phê duyệt kế hoạch đấu thầu, giao chỉ định thầu một số dự án trọng điểm trái quy định, gây lãng phí, thất thoát vốn đầu tư."[2]

Sau kì họp thứ 20 (từ 12 đến 13/12/2017 tại Hà Nội do Trần Quốc Vượng chủ trì), Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam đã quyết định thi hành kỉ luật Đảng đối với ông Phùng Quang Hùng với hình thức kỉ luật cảnh cáo.[5]